Isso não é o ideal, mas pelo que eu vejo, a única opção que você tem é arquivar um bug e perseguir através de ou escrevendo e aplicando um patch.
- Abra o Nautilus
- Navegue até um diretório que você não deseja marcar, por exemplo, / bin
- No menu Favoritos, clique em "Adicionar marcador"
- Em seguida, clique com o botão direito do mouse no marcador / bin e escolha "Renomear ..."
- Renomeie o marcador para "----------"
- Feche o Nautilus e abra-o novamente
- agora você tem algo que parece vagamente, mas não muito como um separador.
EDIT: Parece que há já um bug arquivado para este . Adicione seu próprio ponto de vista aqui .