Seu comando altera as permissões do diretório /opt , mas não seu conteúdo. Para verificar se a propriedade foi alterada, use:
ls -ld /opt
Se você esquecer o -d , isso listará o conteúdo de /opt , não o objeto /opt em si.
Se você quiser alterar a propriedade não apenas do /opt em si, mas tudo o que ele contém, você precisará da opção -r (recursiva) em chown .
Como a GUI não mostra a propriedade atualizada de /opt ; que poderia ser apenas a partir de não reler o sistema de arquivos e confiar em informações previamente escaneadas.
No Ubuntu 17.10, posso reproduzir com facilidade o que acho que você está enfrentando. Quando abro o diretório raiz ("Computador") no Nautilus, e clico com o botão direito do mouse em "opt", em seguida, ver o "Propriedades", é de propriedade de root. Se eu mudar a propriedade para mim mesmo no shell, é claro que essa janela não muda. Se eu fechar a janela Propriedades e, em seguida, clicar com o botão direito em "opt" novamente para visualizar as propriedades, ainda indica que é de propriedade do root.
Para fazer com que o Nautilus leia novamente os metadados mais recentes e mostre as permissões atualizadas, pressione Ctrl-R para atualizar. Ou então, navegue para outra pasta e volte.