Você recebe este erro porque o APT está tentando usar o IPv6. Correção rápida é configurar o APT apenas para IPv4, execute o seguinte comando para criar um arquivo de configuração para o APT.
sudo nano /etc/apt/apt.conf.d/99force-ipv4
Copie e cole a seguinte linha no arquivo.
Acquire::ForceIPv4 "true";
Salve e feche o arquivo. A partir de agora, o APT usará apenas IPv4.