Você pode tentar alterar o "gtk_color_scheme" (gtk-2) ou "esquema de cores padrão" (gtk-3) definido no "gtkrc " ou arquivos" gtk.css " do seu tema.
Como vasa1 explica em esta resposta, há vantagens em manter os temas em você ~/.themes
pasta.
Porque será específico para o usuário e não para todo o sistema e você não precisa de sudo
para editá-los.
Aqui você tem um exemplo.
Neste caso eu estou executando o Xubuntu 13.04 com o padrão deles "Greybird".
Eu só edito o arquivo gtkrc (gtk-2) porque Thunar (até onde eu sei) é um gtk- 2 aplicação.
1) Abra uma janela do Terminal e digite:
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sudo mousepad /usr/share/themes/Greybird/gtk-2.0/gtkrc
Pesquise a linha nuber 6 e mude a base_color de #fcfcfc para #CECECE
ANTES:
gtk_color_scheme = "bg_color: #CECECE \ nselecionada_bg_color: # 398ee7 \ nbase_color: #fcfcfc" # Fundo, base.
DEPOIS:
gtk_color_scheme = "bg_color: #CECECE \ nselecionada_bg_color: # 398ee7 \ nbase_color: #CECECE" # Fundo, base.
2) Faça o logout e login para ver as alterações.
ANTES:
DEPOIS:
Você também pode editar o arquivo gtk.css para os aplicativos (gtk-3).
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sudo mousepad /usr/share/themes/Greybird/gtk-3.0/gtk.css
Você pode alterar @ define-cor base_color de #fcfcfc para #CECECE
NOTA: Este é apenas um exemplo, por favor altere as configurações de acordo com as suas necessidades.
Espero que ajude.