Ele não deve ser necessário no WSL porque as tabelas são gerenciadas pelo kernel do Linux, e no WSL você não está usando o kernel do Linux. Parece que não é possível removê-lo por causa desse erro, mas você pode ignorá-lo com segurança.
Atualização: O script de pré-remoção e o script de parada do ebtables foram corrigidos no pacote ubuntu para que a atualização agora funcione.