Eu também sofri com esse problema (com o LXDE e o lxpanel) há muito tempo. Isso faz com que o painel inicie antes da exibição X no VNCserver.
tente atrasar o gnome-panel criando o script 'gnome-panel-delay' no mesmo / usr / bin com o seguinte
! / bin / sh
sleep 4 & & gnome-panel
exec gnome-panel-delay em vez de gnome-panel em ~ / .vnc / xstartup ou configuração em ~ / .config