Você pode usar Hardcode-Tray para corrigir o problema com ícones de bandeja coloridos. Atualmente suporta apenas os temas dos ícones Numix e Papirus.
Você pode instalá-lo a partir de um PPA executando
sudo add-apt-repository ppa:andreas-angerer89/sni-qt-patched
sudo apt update
sudo apt install sni-qt hardcode-tray
Em seguida, execute hardcode-tray
por
sudo -E hardcode-tray
e você terá a opção de "corrigir" os ícones da bandeja.