Sim, eles são usados para compatibilidade com outras distribuições e com as especificações LSB PDA . Eu tive vários sistemas nos quais runlevels 3,4,5 foram usados, mas não me pergunte o que eles eram, isso foi anos atrás.
Se isso te incomoda, não deve ser um problema remover esses níveis de execução em todas as configurações, mas eu recomendaria deixar como está. Se não está quebrado, não conserte.