Bem, como sempre acontece, assim que publiquei esta questão, encontrei a solução. Meu monitor principal foi conectado à porta digital DVI do computador, e aparentemente, este mobo ASUS só pode executar SVGA e HDMI ao mesmo tempo, mas não pode executar DVI e HDMI. Meu monitor é de entrada dupla, portanto, a mudança para SVGA restaurou as configurações do monitor Dual do Ubuntu.
Então, problema resolvido ...