O repositório pode estar corrompido. Você pode usar o seguinte comando para limpar sua lista apt:
sudo rm -r /var/lib/apt/lists/*
Em seguida, atualize com
sudo apt update
ou
sudo apt-get update
Se você ainda não conseguir encontrar o pacote do Skype, poderá fazer o download e instalá-lo com:
sudo dpkg -i SKYPE_PACKAGE.deb