Os aplicativos Flatpak usam nautilus em vez de Dolphin
Instalei com sucesso alguns aplicativos flatpak do repositório do flathub, no Kubuntu 18.04 64bits.
O único problema é que os aplicativos que exigem navegação por arquivos locais usam um navegador nautilus em vez de dolphin, o que não é ótimo porque minhas pastas favoritas não aparecem no painel lateral e às vezes links para minha partição ntfs (partição compartilhada com o Windows, onde todos os meus arquivos pessoais são) simplesmente não funcionam. Estou usando o Kubuntu.
Então eu tentei desinstalar o gnome runtimes flatpak uninstall org.gnome.Platform//3.26 (junto com o 3.28) e instalar o kde runtime com flatpak install flathub org.kde.Platform//5.9 e flatpak install flathub org.kde.Sdk//5.9 , mas isso não resolveu o problema.
Aparentemente, o problema não está ligado aos tempos de execução (a verdade é que eu nem sei o que é um tempo de execução ... :-p). Zotero foi o aplicativo que precisava de gnome runtimes, como descobri mais tarde, quando o Zotero não foi lançado!
Aqui está uma foto do problema 
Por exemplo, a pasta 'Documents' é considerada como um arquivo e não consigo abri-la. (Isso acontece apenas no Zotero. Com o LibreOffice eles aparecem como pastas, mas eu não tenho acesso aos favoritos)