Uma ferramenta tão legal para saber sobre obrigado. Bem, você poderia comparar estes:
sources.liston on x86-64 machine:deb [arch=amd64] http://[ip address of server]:8080/ xenial universe...
On the repo machine,
~/.aptly/public/dists/xenial/main/binary-amd64
Veja o componente, não é o mesmo, então o seu sources.list deve ter algo como:
deb [arch=amd64] http://[ip address of server]:8080/ xenial main