AFAIK não há ferramentas para criar pacotes MSI no Ubuntu (o MS no MSI significa "Microsoft" e o MSI é muito limitado à plataforma Windows). Você pode empacotar o Ubuntu (e outros tipos) em pacotes de várias formas (apt, snap, tarballs, etc.) - veja link , por exemplo. Mas usar o mesmo pacote para Windows e Linux (ou outro Unixen) não é realmente uma opção realista, dadas as vastas diferenças fundamentais entre as duas plataformas OS.