Estou executando algo muito semelhante, com VLANs e várias sub-redes, e a sintaxe está próxima (eth0.100: 3). Você pode colocar eth0 e eth0.100 na mesma linha 'auto' e você não precisa do vlan-raw-device se eth0 estiver no nome da interface base como eth0.100.
Tente atribuir um endereço estático a outra rede (falso, se necessário) e veja se o eth0.100 acende.