Mude o gráfico para o driver OpenGL.
Se você encontrou este erro:
pcsx: ../libpcsxcore/ix86_64/ix86-64.c:158: MEMADDR_OP: Assertion '!isreg || reg != 0' failed.
ou algo ao longo da linha depois (o meu é pcsxr: ../libpcsxcore/ix86_64/ix86-64.c:160: MEMADDR_OP: Assertion !isreg || reg != X86_TEMP' failed.
), edite o arquivo ~/.pcsxr/pcsxr.cfg
e altere a linha Cpu = 0
para Cpu = 1
.