Eu suspeito que você tenha múltiplos kernels ocupando o espaço que você precisa.
df -h
executado a partir de uma janela de terminal mostra seu espaço em todas as partições.
Para ver todos os kernels, faça dpkg -l linux-image*
Você pode remover vários kernels antigos de uma só vez com um comando como sudo apt-get remove linux-image-2.6.32-{21,37,38,39,40,41,42,43,44}-server
(substitua seus números com base no que você encontra com dpkg) mas tenha muito cuidado para não remover o kernel atual, nem o kernel mais recente! / p>
uname -r
mostra o que você está usando no momento.
sudo apt-get autoremove
é bom para ser executado após a remoção de kernels antigos, pois remove as dependências obsoletas.