Eu encontrei a atualização simples (ish) no meu caso de ZFS não-raiz, apenas precisando remover ferramentas antigas antes de adicionar novas e nada foi deixado em um estado estranho:
# Export ZFS Pool first - may need to switch to single user mode for this
zfs umount -a; zpool export <poolname>
# Remove old ZFS stuff
apt-get remove ubuntu-zfs zfs-doc spl-dkms
apt-get autoremove
add-apt-repository --remove ppa:zfs-native/stable
# upgrade time!
do-release-upgrade
apt install zfsutils-linux
#reboot
... e na reinicialização dos meus sistemas de arquivos zpools / zfs todos importados e montados OK