Acontece que foi flatpak. Um simples flatpak update
fez o truque.
Isso ocorre porque os aplicativos flatpak não são atualizados automaticamente, ao contrário dos snaps. E esse comando
flatpak remote-add --if-not-exists flathub https://flathub.org/repo/flathub.flatpakrepo
ao configurar o flatpak adicionou o repo ao centro de software do Ubuntu, e é por isso que as atualizações estavam aparecendo lá. E como estes são flatpaks (o que significa que eles não são dos repositórios oficiais do Ubuntu ou mantidos pela comunidade), esses pacotes não apareceram em sudo apt update
.