find your_folder -type f -exec chmod your_permissions {} \;
Este comando altera as permissões apenas para arquivos regulares na pasta selecionada (substitua "your_folder" e "your_permissions" pelos valores apropriados).
Se você quiser apenas alterar as permissões para arquivos em sua_pasta em si e não em suas subpastas, poderá adicionar -maxdepth:
find your_folder -maxdepth 1 -type f -exec chmod your_permissions {} \;