É estranho que o Wi-Fi desativado não sobreviva a reinicializações. Isso acontece aqui.
Você pode usar o rfkill , que é uma "ferramenta para habilitar e desabilitar dispositivos sem fio". (veja man rfkill for more info )
Para desativar o Wi-Fi, execute sudo rfkill block wifi .
Para reativar, execute sudo rfkill unblock wifi .
Se tudo funcionar como esperado, basta adicionar rfkill block wifi a /etc/rc.local