Seu sistema está com falta de RAM e está confiando na memória virtual. Execute menos aplicativos ou faça algo para aumentar a quantidade de RAM, como comprar mais RAM para o seu computador ou obter um computador maior.
Eu sei disso porque atop está apresentando alta swout . Paginação é ruim, paginação em geral é inofensiva por comparação. A taxa de varredura também é alta, o sistema procura por páginas para limpar quando não tem RAM livre.
Minha experiência está de volta quando o% BSD vmstat tinha uma coluna sr (e a Sun copiou esse recurso para o SysVR4 Solaris). O sr era "taxa de rastreamento" (para páginas LRU ). Foi a coluna mais crítica a prestar atenção, pois só iria alto quando o sistema estava morrendo de fome para memeory. O Linux não entendeu no início, o vmstat nunca teve um sr , mas as coisas estão começando a voltar para lá, o recurso dstat --adv-mem foi adicionado recentemente e ele verifica a taxa de varredura. O Linux propriamente dito (o kernel, isto é) tem instrumentação de varredura, veja grep -i scan /proc/vmstat .