Se o problema aparecer apenas em arquivos de vídeo específicos, o arquivo está corrompido, talvez não seja possível e você precisará comprar um software que corrija os arquivos de vídeo corrompidos. Você pode confirmar a corrupção tentando assistir a um vídeo com problemas usando media player diferente, se o problema aparecer novamente no media player diferente, o arquivo está corrompido.
Além disso, se você piratear os vídeos, verifique se os downloads estão concluídos, os vídeos que ainda estão sendo baixados para o disco rígido podem ser reproduzidos apenas parcialmente até que o download esteja pelo menos 90% concluído.