Parece que você quebrou as permissões de acesso dentro do diretório inicial do usuário executando aplicativos como superusuário no mesmo diretório inicial. Você pode redefinir a propriedade e, assim, recuperar o acesso com:
sudo chown -R "$USER:" "$HOME"
Veja Por que os usuários nunca devem usar o sudo normal para iniciar aplicativos gráficos? para obter uma explicação de por que você não deve usar sudo para iniciar aplicativos gráficos e Como inicio o Nautilus como root? para alternativas (aplica-se também a outras aplicações gráficas).