Eu encontrei o mesmo problema e consertei isso:
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Corrigir o pacote quebrado
sudo dpkg -i --force-overwrite /var/cuda-repo-9-2-local/./nvidia-396_396.26-0ubuntu1_amd64.deb -
Reinstale tudo ao passar a opção
--force-overwritepara o Dpkg subjacente ao executar o comando install (baseado em esta resposta )sudo apt-get -o Dpkg::Options::="--force-overwrite" install cuda