Eu descobri qual era o problema.
O Jupyter (mesmo no modo shell) requer soquetes, e isso é desativado por minhas regras.
Acho que duas soluções seriam possíveis:
- desabilitar a internet externa, mas permitir soquetes
- use apenas o jupyter para converter de .ipynb para .py e, em seguida, use o AppArmor no interpretador python3. (Eu usei uma cópia do interpretador python3, não a versão do sistema, para não interferir no sistema).
Eu escolhi a solução # 2, porque eu não sabia como alcançar o # 1. Eu tentei remover "deny network raw" e manter "negar rede inet", mas isso também pareceu desativar sockets.