Eu posso responder minha própria pergunta. Parece que o problema tinha algo a ver com arquivos de configuração antigos. Limpei um monte de coisas nos diretórios "ponto", conforme sugestões em outros lugares, e agora funciona como pretendido.
Após a atualização para o 18.04, não consigo iniciar o terminal ou o nautilus a partir da barra lateral de favoritos. Xterm, no entanto, é bom, e de lá eu posso executar pelo menos nautilus. Executar gnome-terminal na janela xterm não faz nada, exceto o aviso "AT-SPI: Could not obtain desktop path or name"
PS: Eu fui do Ubuntu 16 para o Ubuntu 17.10 sem realmente usar 17, talvez eu também tenha tido problemas com isso.
Eu posso responder minha própria pergunta. Parece que o problema tinha algo a ver com arquivos de configuração antigos. Limpei um monte de coisas nos diretórios "ponto", conforme sugestões em outros lugares, e agora funciona como pretendido.