O bit ecute e x nos diretórios deve ser definido para permitir que os usuários determinem seu conteúdo. Sem esse bit, você obtém a saída que descreve. Não há corrupção dos arquivos, você acabou de revogar suas permissões para examiná-los.
Simplesmente restaure o bit de execução no diretório para corrigir sua situação, no seu caso usando
sudo chmod a+x /mnt/e/var/lib/vnstat
Veja um exemplo de log de terminal ilustrando o comportamento:
$ ll folder/
total 0
drwxrwxr-x 3 bytecommander bytecommander 100 Mai 21 00:19 ./
drwxrwxrwt 19 root root 460 Mai 21 00:21 ../
-rw-rw-r-- 1 bytecommander bytecommander 0 Mai 21 00:19 bar
-rw-rw-r-- 1 bytecommander bytecommander 0 Mai 21 00:19 foo
drwxrwxr-x 2 bytecommander bytecommander 40 Mai 21 00:19 meh/
$ chmod a-x folder/
$ ll folder/
ls: cannot access 'folder/.': Permission denied
ls: cannot access 'folder/..': Permission denied
ls: cannot access 'folder/meh': Permission denied
ls: cannot access 'folder/bar': Permission denied
ls: cannot access 'folder/foo': Permission denied
total 0
d????????? ? ? ? ? ? ./
d????????? ? ? ? ? ? ../
-????????? ? ? ? ? ? bar
-????????? ? ? ? ? ? foo
d????????? ? ? ? ? ? meh/
$ chmod a+x folder/
$ ll folder/
total 0
drwxrwxr-x 3 bytecommander bytecommander 100 Mai 21 00:19 ./
drwxrwxrwt 19 root root 460 Mai 21 00:21 ../
-rw-rw-r-- 1 bytecommander bytecommander 0 Mai 21 00:19 bar
-rw-rw-r-- 1 bytecommander bytecommander 0 Mai 21 00:19 foo
drwxrwxr-x 2 bytecommander bytecommander 40 Mai 21 00:19 meh/