É comum que os programas imprimam coisas no console desse jeito. Se houver algum problema com o programa, você pode encontrar uma pista aqui. Se você iniciar o programa a partir do lançador (clique nele), você simplesmente não verá a saída, então você está felizmente inconsciente disso.
Se o programa estiver funcionando corretamente e você não estiver tentando depurá-lo, ignore-o. Você não fez nenhum mal.