Isso é o que funcionou para mim:
Primeiro. Descompacte o arquivo epub (renomeie-o para .zip e descompacte-o)
Segundo. Coloque a seguinte linha como a primeira linha dentro de todos os arquivos html
dentro da pasta 'OEBPS / Text':
<? xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="não"? >
(você pode usar o comando 'sed' para este passo)
Terceiro. Empacote os arquivos usando o seguinte comando (há um
maneira de fazer isso, apenas fechando o arquivo não permitirá que os aplicativos reconheçam
o formato epub):
zip -rX ../myfile.epub mimetype META-INF / OEBPS /
Provavelmente isso será resolvido em algum release futuro de Atril. Por enquanto você pode usar o procedimento acima e talvez criar um script para automatizar o processo, caso você tenha muitos arquivos com esse problema.