Como remover esses arquivos
Não é uma boa ideia remover esses arquivos, a menos que você esteja realmente sofrendo por espaço temporário em disco ou não atualizará o software do sistema novamente.
Se você tem certeza de que não há atividades do APT em andamento, incluindo as atualizações de segurança automáticas que você configurou durante a instalação do Ubuntu ou a janela de aviso automático você tem atualizações, você pode removê-las da seguinte maneira:
sudo rm -r /var/lib/apt/lists
Na próxima vez que você executar sudo apt-get update , a estrutura desse diretório será automaticamente recriada para você.
Por que sudo apt-get clean não remove esses arquivos?
sudo apt-get clean não removerá nenhum arquivo em /var/lib/apt/lists , exceto aqueles em /var/lib/apt/lists/partial . Isso pode ser visto como você apontou com sudo apt-get -s clean :
$ sudo apt-get -s clean
Del /var/cache/apt/archives/* /var/cache/apt/archives/partial/*
Del /var/lib/apt/lists/partial/*
Del /var/cache/apt/pkgcache.bin /var/cache/apt/srcpkgcache.bin
Observe que /var/lib/apt/lists/* não está listado para exclusão.
Isso é feito porque os arquivos excluídos não impedem que os comandos APT sejam executados com sucesso. Só tem a possibilidade de diminuí-los quando as coisas precisam ser redownloaded.
A exclusão de /var/lib/apt/lists/* causa erros com sudo apt-get install e apt-cache até que você execute sudo apt-get update novamente. Também faz com que sudo apt-get update demore muito mais, já que não é possível ignorar o download de arquivos que não foram alterados.