Eu estava usando o Windows 10 (inicialização EFI) e instalei o Ubuntu 18.04 (inicialização herdada) na segunda partição da mesma unidade. O instalador do Ubuntu solicitou a mesma mensagem que você está perguntando. Eu procedi independentemente do aviso e tanto o Windows e Ubuntu funciona muito bem. (Note que a partição swap não é mais necessária no caso do Ubuntu 18.04 se você estiver criando partições manualmente.)