Que Software Livre Compatível com Ubuntu Existe para a Visualização 3D de Proteínas e Peptídeos Biológicos?

Question

Qual Software Livre Compatível com Ubuntu Existe para a Visualização 3D de Proteínas e Peptídeos Biológicos? Eu fiz esta pergunta link mas ele foi fechado porque era uma recomendação de software que não é assunto para o chemistry stackexchange, mas eu achei que não seria fora do assunto por aqui. Estou executando 32 bits 12.10 se for relevante.

    

Answer 1

Eu imaginei isso algumas horas depois de fazer essa pergunta

Existem alguns softwares diferentes para esse tipo de modelagem que funcionarão no Ubuntu, incluindo:

• Avogadro ( Página de download , Documentação de Avogadro [que está em formato wiki] . Você pode baixar o Avogadro do centro de software, mas é uma versão desatualizada.
• Jmol (Você pode baixar o Jmol do centro de software, mas esta é uma versão desatualizada. Este software vem na forma de um arquivo zip da link dado, descompacte este arquivo e, em seguida, vá para o diretório criado por este descompactador e clique com o botão direito do mouse no arquivo jmol.sh e vá para permissões e clique (e assim marque) a caixa ao lado de "Permitir execução do arquivo como um programa")
• MarvinView (Este O link levará você à página para baixar o MarvinBeans, que é um pacote de softwares de modelagem química da ChemAxon, incluindo o MarvinView.Você precisará fazer o login para baixar o MarvinView, mas pode criar essa conta gratuitamente e baixar e usar o MarvinView ea maioria suas funções de graça)
• RasMol (Este software raramente é atualizado [a versão estável mais recente foi 17 de julho de 2009], mas parece ter muitas funcionalidades básicas)

Minha preferência pessoal teria que ser Jmol ou MarvinView.

    

Answer 2

Confira JMOL . É de código aberto e baseado em Java - por isso funcionará no Windows, Mac e Linux. Eu passei os últimos 20 minutos procurando um modelo soberbo de ATP e uma lista de outras moléculas em 3D estereográfico crosseyed!