Seu ambiente não está quebrado, é apenas alguma incompatibilidade de configuração e tema.
Para Unity:
Escolha 1: Reinicie o Unity por dconf reset -f /org/compiz/ , para remover o uso da configuração do compiz rm -rf ~/.compiz-1 ~/.config/compiz-1
'
Escolha 2: último recurso, reinstale a unidade em sudo apt-get install --reinstall ubuntu-desktop .
Para redefinir os ícones de unidade, use: unity --reset-icons
Para o GNOME:
Escolha 1: Tente redefinir o GNOME usando o dconf pelo comando dconf reset -f /org/gnome/.
Escolha 2: Use este comando para deletar completamente suas configurações do GNOME, use com cuidado. rm -rf .gnome .gnome2 .gconf .gconfd .metacity .cache .dbus .dmrc .mission-control .thumbnails ~/.config/dconf/user ~.compiz*
Escolha 3: Último recurso, reinstale o GNOME por apt-get install --reinstall gnome-shell .