Como você, eu sou um usuário do PyCharm Pro - ganhei isso através de meus desenvolvimentos de código aberto.
O download do PyCharm Pro é muito maior do que a edição da comunidade - isso indica que os extras incluídos no Pro não existem na edição da comunidade. Assim, para obter o benefício do Pro, você basicamente desinstala a comunidade e reinstala a nova versão.
É mais fácil fazê-lo desta maneira, em vez de se desintegrar na instalação da comunidade.
A única pegadinha menor foi que a edição da comunidade local instalada criou um arquivo de área de trabalho ícone em ~/.local/share/applications
- isso conflitava com a versão Pro. Portanto, você precisará remover o arquivo local antes de a versão Pro ser reconhecida.