Abra o Terminal e execute o seguinte comando na sua segunda instalação
gsettings set org.gnome.shell.extensions.dash-to-dock click-action 'previews'
Isso forneceria as pequenas janelas de visualização que você está procurando.
Instalei o Ubuntu 18.04 em dois sistemas e isso resultou em dois comportamentos diferentes do shell do GNOME quando um aplicativo tem mais de dois Windows.
Por exemplo, Firefox (comportamento desejado):
1 janela aberta + segunda janela privada aberta. No dock do Ubuntu, o Firefox Icon agora tem dois pontos. Ao clicar no ícone do Firefox, uma pequena pré-visualização é aberta, onde posso escolher qual deles abrir.
Por alguma razão, isso não funciona na minha segunda instalação do Ubuntu 18.04 e não encontrei nenhuma configuração relacionada a isso. Ao ter duas janelas abertas e clicar no ícone no encaixe, ele abre automaticamente a janela usada recentemente.
Eu realmente não quero reinstalar a partir do zero, porque levei muito tempo para configurar o sistema e tudo está funcionando perfeitamente.
Abra o Terminal e execute o seguinte comando na sua segunda instalação
gsettings set org.gnome.shell.extensions.dash-to-dock click-action 'previews'
Isso forneceria as pequenas janelas de visualização que você está procurando.