Descobri que é muito difícil alterar o tamanho do Windows. Encontrei uma configuração em /usr/share/theme//metacity-1/metacity-theme-1.xml
<distance name="left_width" value="6"/>
<distance name="right_width" value="6"/>
<distance name="bottom_height" value="6"/>
e isso ajuda, compre também faz grandes fronteiras.
Como alterar a margem de redimensionamento (por isso é mais fácil atingi-lo com o mouse), mas sem aumentar a borda visível?