Se você digitar reset , ele reinicializará totalmente seu terminal em vez de limpar sua tela. Você pode configurar um atalho de teclado para isso.
printf "3c" também funciona bem e leva menos tempo.
Você pode alias por alias cls='printf "3c"' também. Agora quando você digita cls terminal deve ser limpo.
Para explicações mais detalhadas, consulte nesta questão de estouro de pilha.