Você não pode, hoje, fazer isso.
Alguém teria que estender o synaptic para falar com o snapd, diretamente ou usando o snapd-glib. Embora relativamente simples (e quase tudo que a ferramenta snap faz é falar com snapd ), é bastante trabalho, especialmente se (como imagino que seja o caso) a sináptica não foi pensada desde o início para falar para vários back-ends de embalagem.
Dado que a synaptic não viu nenhum trabalho em dois anos, e que o mantenedor do projeto é um desenvolvedor snapd muito ativo, eu suspeito que o desenvolvimento tenha parado.