Erro de instalação HDF5 no Ubuntu 18.04LTS mais recente com Compiladores Intel

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Enquanto eu usava a biblioteca HDF5 sem nenhum problema com o Ubuntu versão 16.04 LTS, depois que eu atualizei o Ubuntu para o Ubuntu 18.04 LTS, tive problemas em instalar o HDF5 com Intel Fortran e C Compilers.

Instalei com sucesso o HDF5 com gcc e gfortran.

Mas, eu preciso instalar o HDF5 com Intel Fortran e C Compilers para uso adicional de códigos de computação científica que são compatíveis apenas com os compiladores da Intel.

Eu instalei szip-2.1.1 e zlib-1.2.11 no caminho de $HOME/LIB usando

  • ifort versão 18.0.2
  • icc versão 18.0.2 (compatibilidade com o gcc versão 7.0.0)
  • icpc versão 18.0.2 (compatibilidade com o gcc versão 7.0.0) (parallel_studio_xe_2018_update2_cluster_edition, compilers_and_libraries_2018.2.199)

com estas bandeiras no perfil bash

export CC=icc
export CXX=icpc
export FC=ifort
export F9X=ifort
export CFLAGS='-O3 -xHost -ip'
export CXXFLAGS='-O3 -xHost -ip'
export FCFLAGS='-O3 -xHost -ip'

e tentou instalar

hdf5-1.10.2

com a seguinte configuração

./configure --prefix=$HOME/LIB --with-zlib=$HOME/LIB --with-szip=$HOME/LIB LD_LIBRARY_PATH=-L/home/scyook/LIB/lib CPPFLAGS=-I/home/scyook/LIB/include --enable-fortran --enable-cxx --enable-fortran2003

No entanto, aparece a próxima mensagem de erro.

checking size of size_t... configure: error: in '/home/scyook/LIB/hdf5-1.10.2':
configure: error: cannot compute sizeof (size_t)

estas são as últimas partes do config.log

.  #define SIZEOF_INT32_T 0   
.  #define SIZEOF_UINT32_T 0    
.  #define SIZEOF_INT_LEAST32_T 0    
.  #define SIZEOF_UINT_LEAST32_T 0    
.  #define SIZEOF_INT_FAST32_T 0    
.  #define SIZEOF_UINT_FAST32_T 0    
.  #define SIZEOF_INT64_T 0    
.  #define SIZEOF_UINT64_T 0    
.  #define SIZEOF_INT_LEAST64_T 0    
.  #define SIZEOF_UINT_LEAST64_T 0    
.  #define SIZEOF_INT_FAST64_T 0    
.  #define SIZEOF_UINT_FAST64_T 0
configure: exit 77

Posso obter ajuda para resolver este problema?

    
por Shimchan Yook 13.05.2018 / 06:06

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