A sugestão aqui é usar os temas mais adequados para o ambiente de área de trabalho que você está executando.
O tema padrão do Unity, chamado Ambiance, é o tema que você deve usar para o próprio Unity.
Ao mudar para o GNOME-Shell, o tema padrão que você deve usar é o Adwaita.
Temas de terceiros também podem ser usados - o suporte para vários ambientes de desktop pode variar. Exemplos que você pode usar em ambos incluem Adapta e Arc-Theme (disponível no repositório 16.10 / 17.04).
Também vale verificar se você não tem temas instalados localmente em ~/.themes
- os temas são específicos para o GTK +, então se o seu tema não for compatível com a versão do GTK + que você está executando, então coisas estranhas como você descreveu ocorrer.
O GNOME-Tweak-Tool (disponível no GNOME-Software) pode ser usado para alternar temas no GNOME-Shell; O unity-tweak-tool pode ser usado no Unity se você estiver usando temas de terceiros.