Não. Exfat é um sistema de arquivos insensível a maiúsculas e minúsculas. É uma propriedade do sistema de arquivos.
Fazer não fazer backups em sistemas de arquivos não unix. Você perde todas as propriedades, como permissões e links simbólicos. Se você precisar armazenar seus backups em um não-unix-FS, você deve fazer um arquivo tar:
tar cvf /home/username /path/to/destination/backup.tar
Você também deve fazer referência a esta comparação de ferramentas de backup , que fornece uma ótima visão geral da ferramentas de backup disponíveis e seus méritos. Esta é provavelmente uma solução melhor que uma simples cópia.