Tente atualizar a partir da linha de comando:
$ sudo apt update && sudo apt install --fix-missing && sudo apt upgrade
Isso deve resolver seus problemas.
Você também pode tentar se livrar de pacotes antigos dos quais não precisa:
$ sudo apt autoremove && sudo apt autoclean
Por fim, confira suas fontes do apt e veja se você talvez precise adicionar novamente os antigos PPAs da sua última instalação.