Resposta curta:
umount /home/bobuser/ftp/files
rm -r /home/bobuser/ftp/files
Se você der uma olhada na seção FD da página lsof man, você descobrirá que cwd significa o diretório de trabalho atual.
A outra coisa que você mencionou é PIDs diferentes para a 2ª e 3ª linhas. Esses são os PIDs do comando lsof , então toda vez que você executar lsof , ele será executado com um novo PID e, em seguida, será fechado.
Depois de alterar seu diretório para /root , podemos ver que não há arquivo aberto no diretório /home/uerbob/ftp/files , então meu primeiro palpite é que alguma partição está montada lá.
Você deve executar o comando abaixo para ver se alguma partição está montada:
mount | grep -i bobuser/ftp
Se sim, você receberá uma saída assim:
/dev/vda1 on /home/bobuser/ftp/files type ext4 (rw,relatime,data=ordered)
Em seguida, basta desmontar a partição e remover o diretório.