Eu tive um problema semelhante. Às vezes, é impossível impedir que os aplicativos tentem ajustar o nível do microfone. Com o Ubuntu, é pelo menos possível evitar que o ALSA responda a tais solicitações.
No arquivo de configuração /usr/share/pulseaudio/alsa-mixer/paths/analog-input-internal-mic.conf
(você pode ter que procurar o arquivo correto para o seu microfone), eu mudei para a parte
[Element Capture]
switch = mute
volume = merge
override-map.1 = all
override-map.2 = all-left,all-right
para
[Element Capture]
switch = mute
volume = 40
override-map.1 = all
override-map.2 = all-left,all-right
e depois de um sudo alsa force-reload
, as aplicações não mudam magicamente o volume do microfone.