Simplesmente: você não pode fazer isso. Snaps são imagens squashfs, que são por definição somente leitura. Não há como evitar isso. Entre em contato com os mantenedores do snap em questão e solicite essa funcionalidade.
Eu gostaria de alterar uma Configuração em um arquivo Snap (CodeMirror no snap do Notepadqq) para que eu possa alterar a coloração da sintaxe para temas específicos.
Eu sei que você não pode modificar diretamente os arquivos de snap, pois é somente leitura.
Então, se eu quisesse fazer isso, como eu poderia fazer isso?
Simplesmente: você não pode fazer isso. Snaps são imagens squashfs, que são por definição somente leitura. Não há como evitar isso. Entre em contato com os mantenedores do snap em questão e solicite essa funcionalidade.