OK, há uma solução alternativa para esse problema. Este relatório de bug informa muito mais sobre isso - link
Eu coloquei export GDK_CORE_DEVICE_EVENTS = 1 para /etc/X11/Xsession.d/56xubuntu-session e meus itens do painel do Xfce não estão mais piscando, e isso também funciona com o Plank. Testado no Xubuntu 18.04.