Eu finalmente descobri o problema, o que provavelmente não afeta ninguém no universo, mas aqui está a solução. Como parte de um script de auto-inicialização para o Xfce, eu estava usando o powertop para fazer ajustes de economia de energia (powertop --auto-tune). Isso incluiu o gerenciamento de energia do receptor USB Logitech, que fez com que o mouse USB caísse no sono após alguns segundos de inatividade.
Substitui meu comando powertop por um excelente script ( link ) que auto-ajusta o powertop, mas desativa o gerenciamento de energia para dispositivos USB usando o driver de dispositivo de interface humana.
Eu não sei porque eu não tive esse problema no Ubuntu 16.04, nem me importo em pensar sobre isso.
Obrigado a Ric Klaren pelo roteiro, e a Chris Pavlovich, da Oregon State University, por me ajudar a identificar o problema.