Como solução alternativa, altere EXEC
em /usr/share/applications/skypeforlinux.desktop
de
Exec=/usr/bin/skypeforlinux %U
para
Exec=env XDG_CURRENT_DESKTOP=Unity /usr/bin/skypeforlinux %U
Você tem que fazer a mesma alteração em ~/.config/autostart/skypeforlinux.desktop
para que o Skype fique na bandeja toda vez que o sistema for reinicializado. No entanto, parece que o Skype irá desfazer a alteração deste arquivo de auto-inicialização toda vez que ele for reiniciado. Minha solução é tornar esse arquivo somente leitura, como
chmod 440 ~/.config/autostart/skypeforlinux.desktop