Considerando que o GParted é seguro, consulte FAQ do GParted - É seguro?
Se você mover a partição raiz / boot do Linux ou a partição / boot do Windows, talvez seja necessário restaurar a capacidade de inicialização.
Veja Manual do GParted - Corrigindo Problemas de inicialização do sistema operacional e Perguntas frequentes do GParted - Restaurar inicialização do Windows .