Você está usando o Nemo ou o Nautilus como gerenciador de desktop? Estou usando o Nemo e tive problemas semelhantes a cada vez que eu reiniciava pelo PC. Os ícones existentes na área de trabalho se sobrepõem ao ícone da Lixeira. Eu encontrei a solução online. Veja o que você precisa fazer. No tipo de terminal:
gsettings set org.nemo.desktop use-desktop-grid false
ou como alternativa, faça a mesma alteração usando o editor dconf.
Veja: Este link de erro para a solução (vá até a última entrada) . Caso o link se mova ou seja excluído ou não abra por algum motivo, colei a parte relevante abaixo:
Found a solution for this issue. That is to disable 'use-desktop-grid'.
Open dconf-editor and deselect org.nemo.desktop.use-desktop-grid
or just run:
gsettings set org.nemo.desktop use-desktop-grid false
Se você estiver usando o Nautilus, talvez consiga encontrar uma configuração equivalente que possa ser alterada.
Boa sorte.